🚀 生物代理 MCP 项目
本项目是一个由微服务和客户端组成的集合，借助自然语言实现与生物数据库的交互，为生物数据查询提供了便捷的途径。
🚀 快速开始
- 配置环境：
cp .env.example .env
- 启动服务：
make build
make up
- 启动网络界面：
make run-chainlit
访问 http://localhost:8000 即可开始查询生物数据。
✨ 主要特性
- 多组件协作：项目由 LLM 客户端、PDB MCP 服务器和 ChEMBL MCP 服务器等组件构成，各组件分工明确，协同工作。
- 自然语言交互：LLM 客户端提供自然语言接口，支持通过网络界面和终端模式进行操作，方便用户使用。
- 多数据源支持：支持与蛋白数据银行 PDB 和化学数据库等多种生物数据源进行交互。
📦 安装指南
配置环境
cp .env.example .env
启动服务
make build
make up
启动网络界面
make run-chainlit
💻 使用示例
基础用法
完成上述安装步骤后，访问 http://localhost:8000 ，在网络界面输入自然语言查询语句，即可开始查询生物数据。
📚 详细文档
开发
- 使用
make help查看可用命令。 - 每个服务都有自己的 README 文件，包含详细文档。
- 配置文件位于
conf/目录中。
模块说明
LLM 客户端
llm-client 模块提供一个客户端，用于与大语言模型服务器交互，处理查询并利用可用工具。它使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp）。了解更多，请参阅 LLM 客户端 README。
蛋白数据银行
protein_data_bank_mcp 模块提供一个服务器，用于与蛋白数据银行 (PDB) API 交互，获取结构装配描述、化学成分、drugbank 注释、分支实体、非聚合实体、聚合实体、uniprot 注释、结构、pubmed 注释、pdb 聚类数据聚合、聚类组来源、pdb 聚类数据聚合方法以及成对多聚体界面描述。它使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp）。了解更多，请参阅 蛋白数据银行 README。
Docker 相关
构建 Docker 镜像
docker build -t <模块名称> .
运行 Docker 容器
docker run --env-file .env <模块名称>
Docker Compose 相关
启动所有服务
docker-compose up -d
停止所有服务
docker-compose down
Makefile 相关
提供一个 Makefile 简化常见任务。
- 可用目标：
setup-env：设置初始环境。build：构建所有 Docker 镜像。up：启动所有服务。down：停止所有服务。
🔧 技术细节
此项目包含多个模块，使用 FastMCP 框架与各种服务和 API 进行交互。每个模块都可以独立运行或通过 Docker Compose 一起运行。该项目的主要关注点是生物代理，提供与生物数据源（如蛋白数据银行 PDB）交互的工具和服务。llm-client 模块使用 FastMCP 框架构建，并支持异步操作（使用 aiohttp），能够高效地与大语言模型服务器交互，处理查询并利用可用工具。protein_data_bank_mcp 模块同样使用 FastMCP 框架，支持异步操作，可与蛋白数据银行 (PDB) API 交互，获取丰富的生物数据。
架构
┌─────────────┐ ┌──────────────┐
│ LLM 界面 │ │ Ollama 大语言模型 │
│ (Chainlit) │ │ │
└─────┬───────┘ └───────┬──────┘
│ │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│ LLM 客户端 │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
│ │
┌─────┴───────┐ ┌──────┴───────┐
│ PDB MCP │ │ ChEMBL MCP │
│ 服务器 │ │ 服务器 │
└─────────────┘ └──────────────┘