🚀 PubMed MCP 服务器
PubMed MCP 服务器是基于 fastapi - mcp 的服务，为用户提供访问 PubMed 数据库的接口。借助该服务，用户能搜索 PubMed 文章、获取文章元数据，还可下载 PMC 文章的 PDF 文件。
🚀 快速开始
PubMed MCP 服务器是一个基于 fastapi - mcp 的服务，提供了对 PubMed 数据库的访问接口。你可以按照以下步骤启动服务：
- 克隆仓库并安装依赖
git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server
# 安装 uv 工具，用于管理虚拟环境和依赖项同步
pip install uv
- 创建并激活虚拟环境
uv sync
source .venv/bin/activate # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate # Windows
- 配置环境变量
创建
.env文件来自定义配置：
DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs
默认情况下，PDF 文件将保存在 /tmp/pubmed - pdfs 目录下。
4. 启动服务
uv run main.py
服务器将在 http://localhost:8977 上运行。然后你可以在 mcp 客户端中配置这个 endpoint，并使用 SSE 模式。
✨ 主要特性
- 搜索文章：根据关键词搜索 PubMed 数据库中的文章。
- 获取元数据：获取特定 PubMed ID 的文章详细信息，包括标题、摘要、作者、关键词等。
- 下载 PDF：下载 PMC 文章的 PDF 文件到本地。
📦 安装指南
克隆仓库
git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server
# 安装 uv 工具，用于管理虚拟环境和依赖项同步
pip install uv
创建并激活虚拟环境
uv sync
source .venv/bin/activate # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate # Windows
配置
创建 .env 文件来自定义配置：
DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs
默认情况下，PDF 文件将保存在 /tmp/pubmed - pdfs 目录下。
💻 使用示例
基础用法
启动服务：
uv run main.py
服务器将在 http://localhost:8977 上运行。然后你可以在 mcp 客户端中配置这个 endpoint，并使用 SSE 模式。
📚 详细文档
项目结构
.
├── app/ # API 应用定义
│ └── pubmed.py # PubMed API 端点
├── core/ # 核心功能
│ └── config.py # 配置管理
├── service/ # 服务层
│ ├── __init__.py # 基础 URL 和工具函数
│ ├── file.py # 文件下载功能
│ └── search.py # PubMed 搜索和解析功能
├── tests/ # 测试目录
├── .env # 环境变量配置
├── main.py # 应用入口
└── pyproject.toml # 项目依赖
📄 许可证
本项目采用 MIT 许可证。详情请参阅 LICENSE 文件。